Këshilli i Administrimit i Fondacionit Zoja e Këshillit të Mirë, është organ kolegjial vendimmarrës që mbikqyr dhe kontrollon veprimtarinë e Universitetit Katolik “Zoja e Këshillit të Mirë” lidhur me menaxhimin administrativ, financiar dhe të pronave të tij. Si struktura më e lartë drejtuese, Këshilli i Administrimit siguron edhe mbarëvajtjen e aktiviteteve didaktike.
Senati Akademik i Universitetit Katolik "Zoja e Këshillit të Mirë" është organ kolegjial i përbërë nga Rektori, Zëvendës Rektorët, Drejtori i Përgjithshëm, Drejtor i Aktiviteteve Mësimore, Dekanët, një përfaqësues i personelit akademik dhe hulumtues, i deleguar nga Rektori, një përfaqësues i studentëve si dhe pesë anëtarë të emëruar nga Këshilli Administrues. Senati Akademik promovon bashkëpunimin me universitete të tjera, me qendra kulturore, kërkimore dhe siguron ndërlidhjen e vazhdueshme me institucione të tjera kombëtare dhe ndërkombëtare.
Është krijuar që me themelimin e Universitetit duke patur si objektiv kryesor atë të vënies në dispozicion për studentët, pedagogët dhe publikun e interesuar, të informacioneve të ndryshme në lidhje me Bashkimin Evropian dhe proçeset integruese.
Është një inciativë tripalëshe e Dhomës së Deputetëve të Parlamentit italian, Kuvendit të Shqipërise dhe Universitetit Katolik “Zoja e Këshillit të Mirë”, themeluar në Nëntor 2005, që ka si objektiva kryesore: forcimin e kompetencave politiko-institucionale dhe tekniko-legjislative të deputetëve të rajonit; zhvillimin, në përfaqësitë parlamentare të Evropës Juglindore,
Pranë Universitetit Katolik "Zoja e Këshillit të Mirë" është ngritur Observatori i Sistemeve Shëndetësore të Ballkanit (OSSHB), si seksion i Qendres Ndërkombëtare të Kërkimeve dhe Studimeve (QNKS). Observatori ka për objekt të punës së tij analizën, studimin, kërkimin dhe formimin në fushën e menaxhimit dhe të organizimit te shërbimeve shëndetësore,
Italiano 
Shqip 
English 